의정서 제16조는 EU 또는 영국이 북아일랜드 의정서에 따른 양자간 교역으로 경제, 사회 및 환경적 곤란 또는 교역전환 효과가 발생할 경우, 의정서 규정 효력의 일방적 중단을 허용하는 규정이다.
EU와 영국은 영국의 EU 탈퇴협정 부속 북아일랜드 의정서 규정에 따라, 북아일랜드를 상품교역과 관련, EU 단일시장 및 관세동맹에 편입하는 이중적 지위를 인정했다.
영국 본토에서 북아일랜드에 반입되는 상품 가운데 EU에 유입될 우려가 있는 상품에 대해 영국이 북아일랜드 항구에서 통관검사 및 위생검역 등을 실시해야 하나,영국은 본토에서 자국 영토의 일부인 북아일랜드에 원활한 상품 반입을 위해 위생검역과 통관검사를 수차례 일방적으로 연기하고 EU에 의정서 전면 개정을 요구했다.
이에 대해 EU는 북아일랜드 의정서의 일부 개정은 검토할 수 있으나, 의정서의 전면적 재협상 또는 중요 사항에 대한 개정에 대해서는 거부의사를 표명했다.
영국은 북아일랜드 교역상 혼란으로 의정서 협상 당시 예상한 제16조 발동의 조건이 충족되었으며, 북아일랜드 정치권도 의정서에 대한 신뢰를 이미 잃었다고 주장했다.
영국은 의정서 재협상을 통해, △북아일랜드→본토 반입 상품 서류제출 의무 폐지하고, △본토→북아일랜드 반입 상품의 최종목적지에 관한 자발적 신고를 기초로 아일랜드가 최종목적지인 상품에 대해서만 통관검사를 시행하는 방안을 제시했다.
또한, △유럽사법재판소의 북아일랜드 관할권을 부인, EU-영국 양자간 조약에 근거한 중재재판 제도의 도입을 주장했다.
EU는 의정서 재협상 불가 방침 및 북아일랜드가 EU 단일시장 및 관세동맹 체제의 일부라는 점에서 유럽사법재판소 관할권을 인정해야 한다며 영국의 요구를 거부했다.
한편, 영국이 의정서 제16조를 발동, 의정서 규정의 일부 또는 전부의 효력을 정지하면, 의정서 규정에 따라 양측은 즉각 양자간 협의를 통해 우선 해법을 추진할 예정이다.
영국이 냉장육 등 특정사항의 개선 요구시, EU는 관련 사항 개정을 검토한다는 방침이나, 의정서 규정의 중요 부분 효력 정지시, EU의 대응 수위도 강력해질 전망이다.
이와 관련, EU는 영국과의 무역협정이 북아일랜드 문제 관련 양자간 합의에 근거해 성립한 것으로 간주, 영국의 일방적 조치시 무역협정 효력 정지라는 강수도 검토하고 있다.
이 경우 영국의 제16조 발동을 근거로 EU가 무역협정 효력 정지 단행시 1년 사전통지기간 요건에 따라 브렉시트 당시 우려된 양자간 교역단절로 이어질 가능성이 제기된다.
EU가 무역협정 효력 정지를 단행하면, 양자간 외교·학술교류 등에도 차질이 불가피 하며, 프랑스, 벨기에, 네덜란드 등 여전히 영국과 교역량이 상당한 회원국을 중심으로 고용 등에 부정적인 영향을 초래할 전망이다.